Genau einhundert Jahre nach der Barockisierung des Innenraums stand eine weitere Renovierung an. Sie erfolgte unter den veränderten Vorzeichen von Aufklärung und Klassizismus.
Zu den wichtigsten Maßnahmen gehörte die Einebnung der Gräber im Fußboden der Kirche. Bis in die Zeit um 1800 hatte St. Andreas als Bestattungsort gedient: Die besten Grablegen waren im Inneren der Kirche. Im Mittelalter ging es darum, nahe bei den Altären zu liegen, um möglichst viel von der heilsspendenden Wirkung der hier aufbewahrten Reliqiuen und der an den Altären zelebrierten Seelmessen abzubekommen. Nach der Reformation und dem Ende der Seelmessen blieb der Innenraum der repräsentativste Bestattungsort: gewissermaßen das Pantheon der Bürgerstadt Hildesheim. Damit war um 1800 Schluss. In einem anonymen zeitgenössischen Bericht zur Restaurierung von St. Andreas wird der Zustand als unhaltbar geschildert: „Der Fußboden mit Leichensteinen belegt, welche die darunter befindlichen Gräber deckten, war, so wie die Vergänglichkeit ihr Recht an den Leichen übte, ungleich geworden und, da das Begraben der Todten in den Kirchen abgestellt war, wurde die Gleichmachung des Bodens um so dringender.“ (Einige Notizen 1828, S. 118).
Beklagt wird in dieser Quelle aber auch der „Wildwuchs“ der Ausstattungsstücke und die darin manifest werdende soziale Ungleichheit. Der Chorraum war nach wie vor mit einem barocken Schrankenwerk eingefasst. In den Seitenschiffen gab es Emporen und der Boden war mit Gestühl gefüllt, da eine lutherische Gemeinde in den ausgedehnten Predigtgottesdiensten über längere Zeit saß. Alle hatten ihren festen Platz – Gestühlsplätze wurden „gemietet“. Gerade im Gestühl bildete sich die hierarchische Struktur der frühneuzeitlichen Gesellschaft ab: Männer verfolgten die Predigt üblicherweise von einer Empore, während Frauen unten im „Parterre“ saßen. Es gab eine Staffelung in bessere (und teurere) und schlechtere (billigere) Plätze. Wohlhabende Familien durften sich eigene Priechen und Betstühle in der Kirche errichten. Hinzu kommt, dass die Wände und Pfeiler mit Epitaphien und anderen Grabmonumenten bedeckt waren. Die Quelle von 1828 schildert dies rückblickend voller Abscheu: „die geschmacklose Anlage der untern Kirchenstände, die zum Theile in engen Käfigen bestanden, in welche sich ein tadelnswerther Hochmuth zurückgezogen hatte, der sich der Gleichheit vor dem Throne der Allmacht schämte, die Verengung der Kirche durch unsymmetrisch angebrachte Priechen, mit Wappen und Bildnissen verbrämt, [...].“ (Einige Notizen 1828, S. 118).
Zudem hatte sich der Geschmack geändert: Die barocke Ausstattung in ihrer starken Farbigkeit entsprach nicht mehr dem Zeitempfinden, das sich eher, Johann Joachim Winckelmann folgend, an „edler Einfalt und stiller Größe“ erfreute. Am Hildesheimer Dom hatte es gerade eine Renovierung gegeben, die die Andreasgemeinde zur Reaktion motivierte: „die Abtheilung des Chors und seiner Seitenräume durch unzierliches Stangen- und Gatterwerk und der bunte Farbton der ältern und die weiße Leimfarbe der neu angeflickten Kirchstühle wurden dem Auge um so mehr zuwider, je mehr das einfache und edele Innere des Doms die Gemüther ansprach.“ (Einige Notizen 1829, S. 118f.)
So ging es jetzt ans „große Aufräumen“: Die Fenster erhielten eine neue, helle Verglasung (möglicherweise hatte es bis dahin noch Reste der mittelalterlichen Buntverglasung gegeben). Emporen, Schranken, Priechen und Familiengestühl wurden entfernt. Der Fußboden wurde einheitlich neugestaltet. Damals entstand eine – bis 1945 bestehende – leicht wellenförmige, quer über den Kirchenraum gespannte Stufenanlage, mit der man bequem in den nunmehr offenen Chor hinaufschreiten konnte.
